Logo no início da série (mais precisamente na primeira missão do Time Sete fora do País do Fogo), surgem as primeiras informações sobre clãs e linhagens avançadas (Kekkei Genkai). No mundo de Naruto, algumas técnicas secretas e/ou características genéticas são passadas de geração a geração através dos clãs – e muitos países com força militar ninja são julgados de acordo com a qualidade e fama desses clãs. O clã Hyuuga e o clã Uchiha de Konohagakure, por exemplo, são mundialmente conhecidos e temidos, aumentando a já inflamada moral do País do Fogo.

 Resumo:  O clã Aburame é um dos muitos que fazem parte da Vila da Folha e sua habilidade característica é a manipulação de insetos.

 Resumo: Outro clã da Vila da Folha, os Akimichi usam sua notável massa corporal para lutar.

 Resumo: Originado no País da Água, esse clã tinha a incrível habilidade de criar gelo (Hyuuton), combinando os chakras naturais Fuuton (Vento) e Suiton (Água).

 Resumo: Os membros do clã Fuuma possuem uma técnica única de linhas de chakra que só pode ser desfeita por eles próprios.

 Resumo: Todos os membros do clã Hyuuga são facilmente reconhecidos graças aos olhos brancos e sem pupila.

 Resumo: A característica mais relevante desse clã de Konoha é que seus membros sempre lutam em conjunto com familiares caninos.

 Resumo: Pouco se sabe desse clã além de sua fama de serem agressivos e violentos, verdadeiros amantes da guerra.

 Resumo: O clã Kamizuru costumava ser importante na Vila Oculta da Pedra, e faziam parte da frente de batalha contra Konoha durante as guerras ninja.

 Resumo: Os Nara são capazes de manipular sombra e utilizar essa habilidade a seu favor durante um combate.

 Resumo: Um dos clãs fundadores de Konoha, juntamente ao clã Hyuuga, do qual os Uchiha supostamente decendem.

 Resumo: Os Yamanaka possuem hijutsu bastante interessante e útil: a capacidade de controlar a mente dos adversários.

 Alguns outros personagens de Naruto também apresentam linhagens avançadas que provavelmente derivam de clãs.